“财政专户存款”科目核算财政部门在银行为医疗保险基金开设的财政专户存款。按规定，由“国库内存款”科目转入“财政专户存款”科目的医疗保险基金，由财政部门根据医疗保险基金预算和收支进度及医疗保险机构的拨款申请，按期从医疗保险基金“财政专户存款”科目拨付至医疗保险基金“银行存款——支出户”科目。另外，按规定用医疗保险基金购买国家债券以及财政专户存款取得的利息收入都通过本科目反映。
医疗保险基金从国库内存款拨至财政专户存款时，借记“财政专户存款”科目，贷记“国库内存款”科目；财政部门根据医疗保险基金预算和收支进度及医疗保险机构的拨款申请，按期从医疗保险基金财政专户存款拨付到医疗保险基金支出户时，借记“银行存款——支出户”科目，贷记“财政专户存款”科目；按规定，用医疗保险基金购买国家债券，按实际支付的价款，借记“债券投资”科目，贷记“财政专户存款”。债券到期收回本息或转让时，按本息合计，借记“财政专户存款”，按本金部分，贷记“债券投资”科目，利息部分贷记“待转收入——待转利息收入”科目。
例1：1995年11月5日，财政部门审核社会医疗保险机构的拨款申请后，同意拨付医疗保险基金200万元，拨款通知已到。依据有关凭证，作如下会计分录：
借：银行存款——支出户2000000
贷：财政专户存款2000000
例2：社会医疗保险机构收到银行转来的财政专户存款计息通知7万元。依据有关凭证，作如下会计分录：
借：财政专户存款70000
贷：待转收入——待转利息收入70000
关于债券投资问题，在这里说明一种情况。目前，随着金融市场的发展，在国债种类上出现了贴现国债。贴现国债是以贴现方式发行的一种国债，按低于面值的价格发行，到期按面值兑付而不另付利息，面值与发行价格之间的差价即为该贴现国债投资人的收益。它具有期限短、流动性大的特点，是目前国际上许多国家经常发行的一种国债。各单位在以闲置的资金投资于贴现国债时，应注意这样几个问题，一是以付款时间作为入帐时间；二是以取得国债时实际交纳的价款即成本入帐；三是贴现国债转让和兑现时，取得的收入借记“财政专户存款”科目，转让和兑现取得的收入和帐面值的差额作为待转利息收入处理。
